Di fronte all'esito del pensiero antico, cui cui era stata verificata la sua ultima incapacità di spiegare il reale, si passa alla seconda grande epoca della storia della filosofia, quella medioevale, che si costituisce essenzialmente come filosofia religiosa e segnatamente cristiana: è in Dio che il mistero dell'esistenza trova la sua soluzione. Questa fase può essere schematicamente suddivisa in due grandi periodi, quello patristico-altomedioevale e quello scolastico.
1) La filosofia patristica si caratterizza per un accoglimento dell'annuncio cristiano, giustamente ritenuto il centro della cultura, ma in un contesto prevalentemente platonico. Se il Cristianesimo è al centro, in altri termini, ciò avviene grazie a una certa svalutazione del livello materiale. Molte espressioni dei Padri, ad esempio di S.Agostino, ricalcano temi platonici senza averli adeguatamente vagliati in prospettiva cristiana: come se il problema fosse staccarsi dal mutevole per aderire all'immutabile. Non è in gioco l'essenziale adesione alla fede cristiana, ma la mediazione filosofica con cui essa viene pensata risulta poco equilibrata.
2) Per questo la filosofia patristica e altomedioevale trapassa nella Scolastica che rimedia a tale squilibrio svalutativo del livello corporeo con una accentuazione, di opposto segno, della consistenza di tale livello. È soprattutto S.Tommaso d'Aquino che, utilizzando la filosofia di Aristotele, compie tale rivalutazione cristiana del corporeo. Ma a sua volta tale nuova impostazione rischia di essere sbilanciata, poiché alla valorizzazione del mondo sensibile fa da contrappeso una perdita del senso della centralità della fede e del soprannaturale. Inoltre essa tende a minimizzare ciò che, sia pure in una prospettiva platonizzante, la patristica e S.Agostino in particolare, avevano ben presente, ossia l'importanza centrale del soggetto ("Deum at animam meam scire cupio", "in interiore homine habitat veritas"): dall'artistotelismo Tommaso trae una sottolineatura oggettivistica, che sarebbe ben presto entrata in rotta di collisione con la parabola vincente del pensiero moderno.
3) La Scolastica, o meglio il tomismo perciò influisce in due modi sul pensiero successivo: da un lato innesca una deriva di autonomizzazione della sfera naturale, il cui esito è il naturalismo, dall'altro provoca per reazione al suo oggettivismo una marcata esaltazione della soggettività, fenomeni entrambi riscontrabili in molto pensiero umanistico-rinascimentale, con il quale entriamo già nella terza grande epoca della filosofia, quella moderna, segnata da un progressivo distacco dalle radici medioevali e dal delinearsi sempre più netto di una cultura antropocentrica.
